L’identité karstique du territoire

Avec une longueur de 400 km et une largeur de 70 km, le Massif du Jura couvre près de 70 % de l’est de la région, dominant les dépressions des plaines de la Saône et de la Bresse. Les systèmes karstiques couvrent toute la côte et arrière côte ainsi que le seuil de Bourgogne : coteaux du Chalonnais, du Dijonnais, du Mâconnais, les plateaux surplombant les villes de Dijon et de Beaune.

La lithologie du Jurassique détermine deux aquifères calcaires principaux : le Jurassique moyen et le Jurassique supérieur. Le Jurassique moyen, très karstifié, est drainé par des émergences importantes : source du Lison dans le Doubs, Font de Champdamoy en Haute-Saône…. Le Jurassique supérieur, présent sur les coteaux de Haute-Saône, les premiers et seconds plateaux du Doubs et du Jura, est également caractérisé par de nombreux exutoires : sources de la Loue, du Dessoubre, du Cusancin, du Doubs, de l’Ain…

Les côtes viticoles sont caractérisées par un épikarst compartimenté et perché. Les plateaux se distinguent par des "formations tabulaires" qui s’étendent depuis le seuil de Bourgogne jusqu’aux limites de l’Yonne, dans les secteurs d’Auxerre et de Tonnerre, et dans la Nièvre avec les calcaires du Nivernais.

Les sources et vallées de la Bèze, de l’Ouche, de la Seine sont ou comportent des résurgences karstiques. Les sources de la Loue et de la Bèze font partie, en termes de débit, des plus importantes résurgences de France.