Un système karstique est un aquifère carbonaté, fissuré, dans lequel des écoulements souterrains plus ou moins importants se produisent. Ce système particulier est le résultat d’un lent travail d’érosion souterrain et caché, causé par la corrosion chimique progressive des carbonates sous l’action des eaux de pluies acides : c’est le processus de karstification. Le karst est par conséquent défini comme un ensemble de formes de surface et souterraines intégrées dans une unité de drainage, pour conduire l’eau souterraine vers une source unique (M. Bakalowicz). En Bourgogne-Franche-Comté, plus de 48 % des terrains qui affleurent sont calcaires, sans compter les terrains sous recouvrements alluviaux. De nombreux cours d’eau de la région, tels que le Doubs, la Bèze, le Lison, l’Ouche, etc., passent par l’intermédiaire de conduits karstiques.

Les aquifères karstiques sont caractérisés par une structure hétérogène : ils peuvent être alimentés par des infiltrations concentrées (pertes) ou de manière diffuse à l’échelle du bassin d’alimentation. La perméabilité peut être très importante (réseau de conduits) ou diffuse au travers de la matrice rocheuse fissurée. Ainsi, les processus de filtration et d’auto-épuration n’ont pas le temps de se mettre en place. Ces spécificités font des systèmes karstiques des milieux vulnérables face aux impacts anthropiques.

Un certain nombre de ces phénomènes karstiques font l’objet de traçages afin de mieux comprendre les circulations souterraines. Ces traçages sont recueillis sur une base de données gérée par la DREAL Bourgogne-Franche-Comté. Associée au logiciel cartographique IDEOBFC, elle permet de visualiser facilement toutes les circulations identifiées en région.