I. Les grands principes de la réglementation

Les principes et les objectifs de la politique nationale de protection de la faune et de la flore sauvages ont été établis par la Loi du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature. La réglementation relative aux espèces protégées vise à s’assurer qu’aucun projet ou activité ne viendra perturber l’état de conservation de ces espèces.

Elle est basée sur un principe d’interdiction des activités ayant un impact significatif sur les individus de ces espèces et/ou sur leurs habitats. Le code de l’environnement (L 411-1) interdit la mutilation, la destruction, la capture, la perturbation intentionnelle, la détention, etc.
Dès la conception et tout au long de la conduite du projet, le porteur de projet veillera à ne pas porter atteinte aux espèces de faune et de flore sauvages protégées. Pour cela, il doit disposer très en amont d’une bonne connaissance des espèces présentes sur le périmètre de son projet afin de les éviter autant que possible et de proposer des mesures adaptées (modification du projet, intervention à une période favorable…).

Les espèces de Bourgogne-Franche-Comté et leurs statuts

Si le projet ou l’activité est susceptible de porter atteinte aux espèces malgré les adaptations proposées, sous certaines conditions et en dernier recours, une dérogation aux interdictions est prévue par le code de l’environnement (L 411-2).

La procédure de dérogation des espèces protégées

  • Comme le précise la Charte de l’environnement, inscrite dans la Constitution française, chacun d’entre nous a le devoir de prendre part à la préservation et à l’amélioration de l’environnement et doit s’interroger sur son rôle et prévenir des impacts potentiels qu’il ou elle est susceptible de réaliser par ses actions sur son environnement.
  • L’ensemble du territoire abrite des espèces, végétales ou animales, qui, même en dehors des zonages environnementaux identifiés (Natura 2000, arrêté préfectoral de protection de biotope, réserves naturelles, ZNIEFF…) bénéficient d’une protection particulière. Cette protection vise les individus mais également pour certaines espèces, le milieu dans lequel elles évoluent.  Les articles L411-1 et 2 du Code de l’environnement fixent les principes de protection des espèces et prévoient notamment l’établissement de listes d’espèces protégées. Une espèce est protégée si elle est visée par les arrêtés ministériels de protection de portée nationale ou régionale.
    Pour en savoir plus, voir ci-dessous les textes juridiques…

  • Les arrêtés faune et flore interdisent, en règle générale :
    • l’atteinte aux spécimens (la destruction, la mutilation, la capture, ou l’enlèvement, des animaux quel que soit leur stade de développement, et de tout ou partie des plantes) ;
    • la perturbation intentionnelle des animaux dans le milieu naturel ;
    • la dégradation des habitats, et en particulier les éléments physiques ou biologiques réputés nécessaires à la reproduction ou au repos de l’espèce considérée,
    • la détention, le transport, la naturalisation, le colportage, la mise en vente, la vente ou l’achat, l’utilisation commerciale ou non, des spécimens prélevés dans le milieu naturel.

    Il est nécessaire de se reporter à chacun des arrêtés pour plus de précisions sur la liste des interdictions applicables à chaque espèce.
    De même, il y a différents niveaux de protection : pour certaines espèces, la destruction, l’altération ou la dégradation de leur milieu particulier ne sont pas interdits (en particulier celles non listées à l’annexe IV de la directive habitat).

  • La définition de listes d’espèces protégées est un principe désormais partagé par les États à l’échelle internationale et au sein de l’Union européenne ; le principe est issu des traités internationaux (notamment les Conventions Internationales CITES, de Berne, de Bonn, Ramsar, ou sur la diversité biologique), eux-mêmes relayés par les deux directives européennes Oiseaux et Habitats Faune Flore. Les textes nationaux sont les suivants :
    Taxon concerné par Arrêté de protection Textes de références et échelle
    Espèces vertébrés protégées menacées d’extinction En France : Arrêté ministériel du 9 juillet 1999
    Espèces végétales protégées Sur l’ensemble du territoire national et complété par les listes suivantes pour la Bourgogne et pour la Franche-Comté
    Mammifères terrestres protégés Sur l’ensemble du territoire national, et vis à vis de la commercialisation de certaines espèces
    Oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire national, et vis à vis de la commercialisation de certaines espèces
    Amphibiens et des reptiles protégés sur l’ensemble du territoire national par Arrêté ministériel du 8 janvier 2021
    Insectes protégés Sur l’ensemble du territoire national par Arrêté ministériel du 23 avril 2007
    Écrevisses autochtones protégées Sur l’ensemble du territoire national par Arrêté ministériel du 21 juillet 1983
    Poissons protégés Sur l’ensemble du territoire national par Arrêté ministériel du 8 décembre 1988
    Mollusques protégés Sur l’ensemble du territoire national par Arrêté ministériel du 23 avril 2007

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