III. Les grandes étapes de votre projet

Toute personne projetant un aménagement, une activité, etc. doit examiner l’environnement dans lequel son projet s’implante.
L’ampleur de votre projet et de ses impacts potentiels détermine le type d’inventaires nécessaires et le contenu du dossier à constituer. Dans ce cadre, il est nécessaire que votre analyse soit globale et anticipée et s’inscrive dans une démarche concertée. La qualité de votre dossier et de vos analyses en dépendent. La bonne réalisation des inventaires aux périodes adaptées est également indispensable pour réussir l’évaluation de votre projet.

Le délai réglementaire d’instruction par la DREAL est de 4 mois. Néanmoins, vous devez également prendre en compte le temps nécessaire pour acquérir les connaissances indispensables à l’analyse de votre projet et pour la constitution de votre dossier (par exemple, dans le cadre d’un inventaire sur 4 saisons, il faut prévoir un an d’étude).


Comment concevoir un projet de moindre impact ?

1. Connaitre

Il est tout d’abord nécessaire de connaître les espèces susceptibles d’être présentes. Vous pouvez vous faire accompagner par un bureau d’études spécialisé en environnement ou une association de protection de la nature.

Les espèces de Bourgogne Franche-Comté

A minima : le recueil des données existantes

Dans tous les cas, un examen des bases de données naturalistes est nécessaire. Cette connaissance du contexte environnemental est impérative afin notamment de déterminer les inventaires naturalistes à réaliser pour cerner correctement les enjeux de biodiversité.

Une connaissance fine et proportionnée à la nature de votre projet

Il est parfois nécessaire de réaliser des inventaires en complément de l’analyse des données existantes. L’objectif de cette étape est d’être en capacité d’évaluer les enjeux liés à votre projet. Les critères à prendre en compte sont :

  • l’importance de votre projet et de ses effets
  • le résultats de l’analyse des données existantes : des espèces protégées et/ou patrimoniales sont relevées ? La qualité des données antérieures est-elle suffisante (données récentes, présence d’observations ou non ?)
  • la sensibilité environnementale du site

Les études écologiques, pour être pertinentes, demandent généralement des investigations durant plusieurs saisons, sur une année le plus souvent, afin de couvrir les cycles biologiques et les périodes d’activité des espèces. Il est impératif d’anticiper cette phase et d’engager les études le plus en amont possible. Le temps nécessaire à la réalisation de ces études est à intégrer dans la planification de votre projet et de votre calendrier prévisionnel.

Cette étude est placée sous la responsabilité juridique et financière du porteur de projet. Si vous décidez de vous faire accompagner par un prestataire, lors du choix du ou des prestataire(s), il est nécessaire d’être vigilant à ce que le candidat vous propose des inventaires dimensionnés et proportionnés à l’importance de votre projet et des enjeux potentiels. Il est donc nécessaire de bien définir les objectifs via un cahier des charges précis et de disposer d’une justification argumentée des inventaires réalisés (nombre de passages, espèces visées, périmètre de l’étude…)

Dans certains cas, il est nécessaire de transmettre les données réalisées dans le cadre des suivis et des inventaires. Pour plus d’informations, vous pouvez consulter l’article suivant : Voir ici

Protocole de Biosécurité

Une des menaces principales qui pèse sur les amphibiens c’est l’émergence de maladies infectieuses. Un protocole a été mis en place dans le cadre de toutes études en zones humides ou concernant les amphibiens/reptiles.

La surveillance et la remontée d’informations sont les premières mesures de prévention à appliquer. S’en suit le déploiement de mesures simples de nettoyage voire de désinfection de l’ensemble de son matériel de travail.

Transmettez les informations par mail au réseau SAGIR à sagir@ofb.gouv.fr et inscrivez-les sur les bases de données naturalistes avec le mot-clé « maladie »

2. Evaluer

Cette étape est un préalable incontournable à l’analyse des impacts de votre projet et à l’élaboration des mesures d’évitement et de réduction. L’évaluation d’un impact est le croisement d’un enjeu (issu de l’analyse des données bibliographiques et des résultats d’inventaires) et d’un effet (lié aux caractéristiques du projet). Elle s’effectue en deux temps : la définition des enjeux et la caractérisation des effets.

Une analyse prenant en compte l’intérêt patrimonial, la rareté des espèces concernées et leur sensibilité est nécessaire pour estimer les enjeux puis affirmer les impacts de votre projet. Votre évaluation doit porter sur l’ensemble des incidences du projet sur l’état de conservation de chaque espèce ou habitat. Celle-ci doit être réalisée quel que soit le type d’impacts (temporaires ou permanents, directs ou indirects, cumulés), en phase chantier comme en phase exploitation.

La méthode de hiérarchisation doit être explicitée. Elle s’appuie sur des éléments chiffrés objectifs et/ou des éléments bibliographiques. Le résultat de cette première évaluation permet d’identifier les impacts dits "bruts".

Qu’est-ce qu’un enjeu, une sensibilité ?

L’analyse doit aboutir à la hiérarchisation des enjeux du plus faible au plus fort. Elle est basée sur les notions suivantes :

  • les statuts des espèces ou des habitats présents eu égard à leur rareté, à leurs exigences biologiques et aux menaces les concernant à différentes échelles. Par exemple, une espèce ou un habitat peut être fréquent à l’échelle régionale et rare à l’échelle nationale. La région présente donc une responsabilité quand à sa conservation.
  • la sensibilité vis à vis des actions prévues au projet et de leurs impacts sur le maintien de l’état de conservation

3. Appliquer la séquence :
Eviter, Réduire, Compenser

Le respect de la séquence « éviter, réduire, compenser » (ERC) incarne la meilleure garantie d’un projet équilibré, de qualité, répondant à l’objectif de préservation de la biodiversité tout en améliorant l’acceptabilité locale du projet comme sa sécurité juridique.

Qu’est-ce que c’est ?

| source : La séquence ERC appliquée à la biodiversité (Théma Essentiel, Mars 2017, CGDD)

Priorité à l’évitement

Adaptez votre projet  : des allers-retours entre le concepteur et l’équipe chargée de l’analyse environnementale vous permet d’identifier l’effet de chaque solution technique proposée et d’ajuster les composantes de votre projet. Cette démarche itérative permet d’aboutir à un projet « optimal », qui ne compromet pas la viabilité de la population présente et la présence de l’espèce protégée sur le territoire.

| source : DICOM-CGDD. 2021. Séquence ERC, Fiche Pratique L’évitement, A destination des porteurs de plans et programmes d’aménagement. CGDD, 1p
La solution d’évitement des impacts reste primordiale, étant la plus efficace au regard de la protection des habitats naturels comme des habitats d’espèces protégées. Une mesure d’évitement consiste en l’abandon du projet ou en une modification d’ordre géographique, temporel ou technique.

La réduction, une deuxième étape importante

Dès lors que les impacts négatifs de votre projet n’ont pas pu être évités, vous devez proposer des solutions pour réduire la durée, l’intensité ou l’étendue des impacts restants. Pour cela, les mesures que vous envisagez peuvent concerner la phase de travaux ou d’exploitation et être de nature géographique, technique ou temporelle.

"Une même mesure peut selon son efficacité être rattachée à de l’évitement ou de la réduction : on parlera d’évitement lorsque la solution retenue garantit la suppression totale d’un impact. Si la mesure n’apporte pas ces garanties, il s’agira d’une mesure de réduction" (CEREMA, 2018)

A l’issue de la définition de ces mesures, les niveaux d’impacts bruts de votre projet sont à réévaluer.
Le non-respect des dispositions d’évitement et de réduction d’impact expose à des sanctions prévues à l’article L.415-3 du Code de l’Environnement.

Évaluer le niveau d’impact résiduel et conclure sur le besoin de compensation

Le bilan global de l’impact d’un projet sur l’état de conservation d’une espèce protégée ou d’un habitat doit être au moins neutre pour atteindre l’objectif d’équivalence écologique.
Cette étape vous permet de conclure sur le besoin de compenser les atteintes à l’environnement si les mesures d’évitement et de réduction ne suffisent pas à limiter les effets de votre projet à un niveau non significatif sur les espèces protégées et/ou leur habitat.

Qu’est-ce qu’un impact résiduel significatif ?

Il y a impact résiduel si, après application de la séquence « éviter, réduire », le projet engendre ou présente un risque caractérisé d’engendrer
- la destruction de spécimens protégés,
- la destruction d’habitats de repos ou de reproduction remettant en cause le bon accomplissement des cycles biologiques de l’espèce,
- une altération des rôles des espèces ou des habitats dans l’écosystème, pouvant entraîner une perte de fonctions et/ou une atteinte à la qualité écologique de l’écosystème considéré.
Celui-ci est considéré comme "significatif" ou "notable", s’il risque de porter atteinte à la pérennité d’un élément de biodiversité (Approche standardisée du dimensionnement de la compensation écologique, CGDD, 2021)

Ainsi, si des impacts résiduels significatifs risquent de persister, ils doivent être compensés à l’aide de mesures faisables, efficaces, pérennes, engageantes, de proximités et décrites précisément. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes.
| DREAL BFC, 2023
| DREAL BFC, 2023
Leur nature, les effets attendus, leurs coûts, doivent être présentés ainsi que la méthodologie utilisée pour les calibrer et les déterminer. La méthode établi doit :

  • respecter les principes réglementaires régissant la compensation (cf. articles L110-1-II-2°, L163-1-I et R122-13 du Code de l’Environnement)
  • être compatible avec les dispositions des documents de planification (SDAGE, SAGE, PGRI, …)
Les points clés à respecter pour bien dimensionner et concevoir des mesures compensatoires sont les suivants :

  • Identifier précisément les enjeux de biodiversité présentant un risque d’impact résiduel caractérisé ;
  • Caractériser et évaluer les pertes avant/après impact pour chacun des enjeux identifiés ;
  • Évaluer les gains attendus d’une mesure compensatoire ou d’une sélection de mesures compensatoires, pour chacun des enjeux identifiés ;
  • Pour chaque couple enjeu/mesures compensatoires proposées, justifier l’atteinte de l’équivalence.
| DREAL BFC, 2023

La demande de dérogation est nécessaire uniquement si des impacts sur les espèces protégées persistent malgré une recherche d’évitement et de réduction.

Le tableau de synthèse qui suit peut vous aider dans votre analyse et est à joindre à votre dossier dans le cas d’une sollicitation de la DREAL.



Obligation de transmission des informations concernant les mesures compensatoires (Art. L163-5 du code de l’environnement). Dès lors qu’un projet comporte des mesures destinées à compenser les atteintes à la biodiversité, les porteurs de projet ont pour obligation de fournir aux services instructeurs de l’État un fichier normé, permettant d’importer les mesures dans l’outil national de géolocalisation des mesures compensatoires environnementales dénommé GéoMCE. Pour plus d’informations, voir l’article suivant

Tout n’est pas compensable…

Un impact est non compensable lorsque :

  • en l’état des connaissances scientifiques et techniques disponibles, l’équivalence écologique ne peut être obtenue ;
  • ou lorsqu’il n’est pas certain que le maître d’ouvrage puisse assumer la charge financière des compensations proposées ;
  • ou lorsque les mesures compensatoires proposées ne sont pas réalisables, c’est-à-dire lorsqu’il n’apparaît pas possible de maintenir ou le cas échéant d’améliorer la qualité environnementale d’un milieu naturel.

Dans le cas où il apparaîtrait que les impacts résiduels sont significatifs et non compensables, le projet ne peut être autorisé en l’état.

Le cas des mesures d’accompagnement

Lorsque la situation biologique des espèces concernées le justifie, le projet peut intégrer des mesures d’accompagnement qui contribuent à la consolidation et à l’efficacité des mesures ERC. Elles traduisent l’engagement du demandeur en faveur de la protection des espèces qu’il a impactées.
Pour certaines espèces menacées particulièrement fragilisées, le demandeur peut montrer que son projet s’inscrit pleinement dans une démarche d’accompagnement d’une politique de restauration et respecte ainsi l’exigence liée au bon état de conservation des espèces impactées. Cela peut être des mesures de maîtrise foncière, de restauration, de participation financière à des actions ou structures diverses, d’expérimentation,…

Attention : les mesures d’accompagnement sont exclues de l’évaluation des impacts résiduels.

4. Constituer votre dossier

Il est nécessaire de concevoir et présenter précisément votre projet.

Le dossier comporte une description du projet : caractéristiques techniques, enjeux socio-économiques, impacts, coût global, situation géographique illustrée par des cartographies et des photos.

Il précise le calendrier prévisionnel de la réalisation, son phasage, notamment les phases de travaux et de mise en exploitation du projet.

Il présente les éventuelles variantes techniquement réalisables et leur coût économique et social. Il décrit les différents intervenants (maîtrise d’ouvrage, maîtrise d’œuvre,…) ainsi que les garanties de prise en compte des enjeux environnementaux identifiés par l’ensemble de ces intervenants.

Le dossier doit détailler les éléments ci-dessus (données consultées, structures et bureaux d’études, évaluation, analyse de la séquence E-R-C…) et être conclusif sur la présence d’impacts résiduels, sur la nécessité de compenser et donc de déposer ou non une demande de dérogation au titre des espèces protégées.

Le Déroulé de la procédure administrative


5.Solliciter le service instructeur

Avant de solliciter le service instructeur, vous devez être suffisamment avancé dans votre projet pour être en capacité d’estimer les enjeux et ses impacts (connaissance des espèces et habitats présents, analyse ERC réalisée).

Dans le cas où des impacts résiduels significatifs persistent malgré la mise en œuvre de mesures pour limiter les atteintes aux espèces protégées, il est nécessaire de déposer une demande de dérogation à la stricte protection des espèces, au titre de l’article L.411-2 du code de l’environnement.

En cas de doute sur le déclenchement d’une procédure de demande de dérogation au titre de la réglementation espèces protégées, vous pouvez également contacter la DREAL. L’avis rendu pourra alors faire l’objet de prescriptions contrôlables : comme par exemple, dans le cadre de projet où les mesures proposées (Évitement, Réduction) garantissent l’absence d’impacts résiduels significatifs.

| source : DREAL Nouvelle Aquitaine, 2021. Guide pour la prise en compte de la réglementation espèces protégées dans les projets d’aménagements et d’infrastructures, DREAL Nouvelle Aquitaine, 34p


NB : NB : Dans le cas de captures, de prélèvements de spécimens (faune ou flore) dans la nature, du transport ou de destruction de spécimens protégés, la dérogation est toujours nécessaire (voir CERFA). Pour les espèces inscrites aux annexes (notamment Annexe A) du règlement européen (CE) n° 338/97 relatif à la protection des espèces de faune et de flore sauvages par le contrôle de leur commerce, il faut également contacter le service instructeur CITES afin de vérifier de la nécessité d’obtention d’une autorisation spécifique : cites.dreal-bfc@developpement-durable.gouv.fr.

Votre demande doit être anticipé et tenir compte des délais d’instruction (4 mois de délai). Le fichier de synthèse listés ci-dessus doit être complété.

La procédure de dérogation des espèces

6. Mettre en œuvre les travaux

Attention : Dans le cas où une demande de dérogation espèces est nécessaire, son obtention est nécessaire avant la réalisation de l’activité ou du projet concerné. Les mesures compensatoires proposées doivent être effectives avant le début des travaux.

Un objectif de résultat
Il vous appartient, en tant que porteur de projet, de vous assurer de la bonne mise en œuvre des mesures et de leur efficacité. Selon la nature et l’ampleur du projet, il est recommandé de faire appel à un écologue compétent pour accompagner la mise en œuvre des mesures, en concertation avec les entreprises qui travaillent sur le chantier.

7. Réaliser les suivis post-travaux

Lorsque les mesures d’évitement, de réduction, et le cas échéant, de compensation ont été mises en place, vous devez mettre en œuvre un suivi selon un protocole explicitement déterminé. Le suivi mis en place doit être cohérent avec les inventaires initiaux. Il est mis en œuvre sur la durée de vie de votre projet ou pendant une durée adaptée aux enjeux.

Des typologies adoptées au niveau national peuvent s’appliquer dans les projets locaux. C’est le cas notamment du protocole de suivi environnemental pour les parcs éoliens terrestres.

Les mesures de suivi doivent être prévues pour :

  • s’assurer de la mise en œuvre des mesures ;
  • suivre les impacts du projet, de manière à mettre en place et réajuster les mesures correctives le cas échéant ;
  • garantir l’efficacité des mesures de compensations, de manière à réajuster les mesures compensatoires et en proposer de nouvelles le cas échéant ;
  • pouvoir rendre compte du maintien, voire du rétablissement, dans un bon état de conservation des populations locales des espèces visées par la dérogation ;
  • Des indicateurs de suivi doivent être définis par le porteur de projet.

    Dans certains cas, nécessité de transmission des données réalisées dans le cadre des suivis et des inventaires. Les bilans doivent être adressés à la DREAL. ( Service biodiversité)

Dans le cadre de la procédure d’instruction, et conformément à la loi du 8 août 2016 sur la reconquête de la biodiversité et des paysages, vous avez l’obligation de verser, dans l’Inventaire National du Patrimoine Naturel, les données de biodiversité acquises à l’occasion des études d’évaluation préalable et pour les suivis.

Pour ce faire la procédure Dépobio a été mise en place et est accessible à l’adresse suivante : ici

Pour plus d’informations, vous pouvez également consulter la page d’information de la DREAL BFC : Voir ici

8.S’assurer de l’efficacité des mesures et contrôles possibles par les services de l’Etat

Il appartient au porteur de projet de s’assurer de la bonne mise en œuvre des mesures et de leur efficacité.

Le « contrôle » correspond à une intervention technique annoncée ou inopinée visant à vérifier, par une surveillance ou une inspection totale ou partielle, la conformité d’un ouvrage, d’une installation, de travaux ou d’une action quelconque de l’homme et/ou de son impact sur l’environnement, au regard des lois et règlements ou des dispositions prises pour leur application, dans le domaine de l’environnement.

Un contrôle de terrain (administratif ou judiciaire) peut faire suite à un contrôle documentaire relatif à l’analyse des suivis transmis par le maître d’ouvrage.

Dans les faits, les contrôles de police administrative peuvent aussi déboucher sur la constatation d’infractions pénales et vice versa. Les deux procédures sont alors menées en parallèle.

Procédures en cas d'irrégularité | DREAL BFC Fevrier 2024


Le contrôle de l’application des mesures prescrites par arrêté préfectoral (dérogation à la protection) ou du respect des dispositions particulières engendrant des impacts résiduels non significatifs (dérogation non nécessaire) est réalisé par la DREAL ou l’OFB (Office Français de la Biodiversité).

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