IV. Le déroulé de la procédure administrative

Les grandes étapes

Le principe d’interdiction de détruire les espèces protégées et leurs habitats s’applique à tous les types de projets et sur tout le territoire. La procédure de demande de dérogation à la destruction d’espèces protégées est régie par le L.411-2 du code de l’environnement.
Selon le cas, elle est :

| source : DREAL BFC 2023

Quel est le bon moment pour déposer un dossier au titre de la réglementation espèces protégées ?

Vous devez être suffisamment avancé dans votre projet pour être en capacité d’estimer les enjeux et ses impacts :

  • vous devez avoir connaissance des espèces et des habitats présents (inventaires naturalistes réalisés si besoin)
  • vous devez avoir réalisé l’analyse E.R.C.

    Votre demande doit être anticipée et tenir compte des délais d’instruction. Le calendrier prévisionnel de réalisation du projet, des autres procédures administratives et les éventuelles contraintes de planification des travaux doivent être indiqués le plus tôt possible au service instructeur.

1. La Recevabilité du dossier

L’instruction d’une demande de dérogation par la DREAL est fondée sur l’examen du dossier qui est joint aux formulaires CERFA de demande. Ce dossier doit apporter tous les éléments nécessaires à cet aboutissement, être à la fois approprié, clair et synthétique.
Le porteur de projet doit déterminer si des espèces protégées sont présentes sur ou à proximité de l’emprise du projet (bibliographie et inventaires), et déterminer si son projet portera atteinte à ces espèces protégées (évaluation des impacts).
Le cas échéant, des mesures d’évitement, de réduction ou de compensation sont à prévoir. Toute cette analyse est basée sur un état initial adapté et proportionné. (voir la rubrique les grandes étapes de votre projet)

Dans le cas d’un dossier incomplet, la DREAL peut demander des compléments d’informations au dossier.

Une fois que le dossier de demande de dérogation a été transmis à la DREAL, et qu’il a été jugé suffisant et complet par la DREAL, la procédure d’instruction débute selon les modalités décrites ci-dessous.

2. La Saisine des instances scientifiques

Selon les espèces concernées ou l’objet de la demande, la DREAL adresse le dossier accompagné d’une analyse synthétique :
soit au secrétariat du Conseil National de la Protection de la Nature (CNPN) : l’avis est rendu par la Commission Espèces et Communautés Biologiques et le pétitionnaire peut être invité à présenter son projet en séance,
soit au secrétariat du Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel (CSRPN) : l’avis est rendu par l’instance représentative composée d’experts.

Le CNPN comme le CSRPN, disposent de deux mois pour rendre leur avis (inclus dans les 4 mois d’instruction). Ce dernier est réputé favorable à l’expiration de ce délai en l’absence de retour. Ces avis restent des avis consultatifs. Néanmoins, dans le cas d’un avis défavorable qui concerne une espèce de compétence ministérielle, le préfet saisit pour avis conforme le ministre en charge de la protection de la nature (R-181-28 du code de l’environnement).

Le Conseil National de la Protection de la Nature (CNPN)

Le CNPN, organisme indépendant en lien avec le ministère en charge de l’écologie a un rôle d’expertise technique et scientifique sur toutes les questions de biodiversité terrestre, aquatique et marine. Il étudie également les mesures législatives et réglementaires et les travaux scientifiques afférents à ces objets.

Le CNPN est saisi pour avis sur les dossiers :

  • impactant une espèce figurant sur l’arrêté du 6 janvier 2020,
  • concernant au moins deux régions,
  • concernant le transport d’une espèce protégée (faune ou flore) en vue de son introduction dans le milieu naturel.
  • le préfet peut saisir le CNPN pour avoir un regard plus large que sur une seule région et si un tiers des membres du CSRPN le requiert.

3. La Consultation du public

Conformément à l’article L. 123-A du code de l’environnement (s’appliquant aux décisions individuelles des autorités publiques ayant une incidence sur l’environnement), une consultation du public est réalisée par la mise en ligne du dossier de demande de dérogation sur le site internet de la DREAL. Cette consultation est disponible durant quinze jours.

4. La Prise de Décision

L’avis ou la décision administrative peut prendre différentes formes :

  • arrêté de dérogation,
  • arrêté de refus.

Dans l’hypothèse où l’autorité décisionnaire souhaite donner une suite favorable à la demande, la DREAL rédige le projet d’arrêté qui sera soumis pour signature au préfet de département et/ou au ministre s’il s’agit d’espèces relevant de sa compétence (Arrêté du 19 février 2007 du code de l’environnement).

L’arrêté délivré est publié au recueil des actes administratifs du département concerné et envoyé au pétitionnaire avec copie aux services en charge de la police de la nature.

Le contrôle de l’application des mesures prescrites par arrêté préfectoral (dérogation à la protection) ou du respect des dispositions particulières permettant de garantir des impacts résiduels non significatifs (dérogation non nécessaire) est réalisé par la DREAL ou l’OFB (Office Français de la Biodiversité).

Les délais :

L’article R411-6 stipule que le silence gardé pendant plus de quatre mois par l’autorité administrative sur une demande de dérogation vaut décision de rejet. Les délais de traitement des dossiers peuvent varier selon d’éventuels besoins de compléments.

Il est conseillé d’être attentif aux points suivants afin de garantir un délai minimum d’instruction du dossier :

  • la qualité de la synthèse des connaissances : fournir des inventaires complets afin de ne pas rallonger l’instruction par des prospections complémentaires.
  • la complétude du dossier : ne pas omettre l’argumentation sur les trois conditions d’octroi d’une dérogation ;
  • l’information au service instructeur du calendrier prévisionnel de réalisation du projet, des autres procédures administratives, et les éventuelles contraintes de planification des travaux.

Les attendus liés au contenu des dossiers

La qualité des données fournies à l’appui de la demande de dérogation à la protection d’espèces, l’évaluation des impacts et la définition technique des mesures dites "ERC" (Evaluer Réduire Compenser), de suivi et d’accompagnement restent de la responsabilité du porteur de projet.

Afin de réaliser un dossier de demande de dérogation complet et satisfaisant, sont énoncées ci-dessous quelques recommandations à destination des porteurs de projets.

Lors du dépôt de la demande, le dossier doit comprendre :

  • un ou plusieurs formulaires CERFA suivant la nature des interdictions relatives aux espèces concernées par le projet ;
  • Le fichier de synthèse exposant votre analyse, voir étapes 2 et 3 de votre démarche projet
  • un dossier technique montrant de manière explicite qu’après application de mesures, la dérogation ne nuit pas au maintien de l’état de conservation des populations des espèces concernées
  • Un document de synthèse : précisant la nature, la localisation, les objectifs des mesures et les espèces cibles, les modalités de mise en œuvre et la pérennité des mesures

Le dossier contient l’ensemble des éléments nécessaires au service instructeur pour rendre un avis circonstancié. Il doit être clair et synthétique.
Il constitue la base des futures prescriptions de l’arrêté de dérogation qui devront être explicites et contrôlables.

Le document ci-dessous peut vous aider dans l’élaboration de votre dossier :

Cas Particuliers : Les démarches simplifiées

Certains projets peuvent être encadrés par des mesures d’évitement et de réduction des impacts suffisamment appropriées et précises pour garantir une absence d’atteinte significative pour les espèces concernées.

Pour certains de ces projets, la DREAL Bourgogne-Franche-Comté a mis en place une démarche simplifiée par télédéclaration. Si vous relevez d’un de ces cas, il convient de vous reporter à la démarche suivante correspondante :

  • Vous récoltez en Bourgogne-Franche-Comté des Grenouilles rousses pour votre consommation personnelle et/ou pour commercialisation.
    Votre activité est ainsi soumise à une procédure d’autorisation sous certaines conditions.
    Pour plus d’informations, voir Rubrique concernée
  • Les projets de travaux concernant les bâtiments (rénovation énergétique sur une habitation, ravalement de façade, etc) lesquels des espèces protégées sont présentes peuvent généralement être encadrés par des mesures d’évitement et de réduction des impacts suffisamment appropriées et précises pour garantir une absence d’atteinte significative pour les espèces concernées. C’est pourquoi une démarche simplifiées peut s’appliquer.
    Pour plus d’informations, voir Rubrique concernée
  • Les haies et les bosquets présentent un rôle favorable pour la biodiversité, comme les mares et les murgets, lorsqu’ils correspondent à un habitat avéré d’espèces protégées. Les pratiques sur les haies et/ou bosquets (entretien, déplacement, suppression) sont donc encadrées par différentes réglementations.
    Afin de satisfaire à ces différentes réglementations, il est nécessaire de déposer une demande aux services de l’État. Certaines actions sont possibles sans autorisation sous respect de certaines conditions (voir documentation), notamment si elles sont réalisées entre le 1er septembre de l’année n et le 14 mars de l’année n+1.
    Pour plus d’informations, voir Rubrique concernée
  • Les projets d’études, d’inventaires, de dispositifs de sauvetage, etc. concernant des spécimens d’espèces protégées doivent être encadrés par des mesures d’évitement et de réduction des impacts suffisamment appropriées et précises pour garantir une absence d’atteinte significative pour les espèces concernées, ainsi que pour leur habitat (risque d’introduction d’espèces exotiques envahissantes ou d’agents pathogènes par exemple).

    Sous réserve de déclaration et du respect de dispositions particulières, ces projets peuvent être réalisés sans qu’il soit besoin de solliciter une dérogation au titre du 4° de l’article L.411-2 du code de l’environnement.
    Pour plus d’informations, voir Rubrique concernée

Le rôle complémentaire des différents acteurs

Une concertation avec les différents acteurs du territoire notamment les acteurs locaux et ceux impliqués dans la protection des espèces, dès l’étape d’élaboration d’un projet et jusqu’au dépôt du dossier de demande de dérogation, permet d’améliorer la qualité du dossier : recueil de données, approches méthodologiques, échange sur la nature des mesures envisagées, etc.

En outre, si la structure en charge de la maîtrise d’œuvre du projet est déjà connue, il est conseillé qu’elle soit associée à la définition des mesures afin de s’assurer de
leur compatibilité avec la réalisation du projet.

Si votre projet est situé en site Natura 2000, il est recommandé de contacter l’opérateur N2000 concerné.

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